水稻细菌性褐斑病病原菌在种子上和病组织中越冬，成为第二年主要初侵染源。田边的杂草寄主也可带菌。条件适宜时，通过伤口侵入机体，也可通过水孔、气孔侵入。病原菌可在水中存活20～30天，并可以随水流传播。
水稻细菌性褐斑病一般以病种子数量多、上年残存的水稻病残体多，病原菌数量就越多，发病就越重。在温度25～30℃，湿度85％以上容易发病。水稻抽穗扬花前后，天气阴冷，风大、降雨量大，雨次频繁，易造成叶片及穗部伤口多，发病较重。台风暴雨常促成病害蔓延，低温可加重为害。稻田土壤酸性、偏施氮肥、长期水淹或灌串，都有利于发病。
