防治方法包括轮作、施用充分腐熟有机肥和采用塑料膜双层覆盖栽培方式。种子消毒可用40%福尔马林150倍液浸种30分钟，清水冲净后浸泡6～8小时，再催芽播种。部分西瓜品种对福尔马林敏感，使用前需先试验，以免产生药害。西瓜果腐病的防治需加强栽培管理，采用高垄栽培，合理密植，注意通风，施用腐熟的有机肥，果实膨大期实施垫瓜。发病初期可选用中生菌素、链霉素、水合霉素或新植霉素兑水均匀喷雾防治。
农业防治措施包括加强植物检疫，防止带菌种子传入非疫区；发病地块与禾本科作物轮作，避免连续种植西瓜；种子消毒可用50-54℃温水浸种20分钟后晾干播种，或用每升含200毫克的新植霉素或硫酸链霉素药液浸种2小时后晾干播种；对表皮发病轻微且已成熟的西瓜及时采收，减少损失；贮运期出现病瓜及时挑出。
药剂防治在发病初期，可用每升含200毫克新植霉素或硫酸链霉素药液喷雾，重点喷药于果实的向阳面。加强检疫，严禁病区种子传入，田间发现病株当地销毁。选用无病、抗病良种，并进行种子消毒，可用福尔马林100倍液浸种30分钟，或用次氯酸钠300倍液浸种30分钟，或用100万单位硫酸链霉素500倍液浸种2小时，然后用清水冲洗净，催芽、播种。
农业防治还包括用无病土育苗，与非瓜类作物实行2年以上轮作；加强田间管理，及时排除田间积水，合理整枝，减少伤口，生长期及收获后病蔓、病叶深埋；对表皮发病轻微且已成熟的西瓜及时采收，减少损失。药剂防治在发病初期，可喷洒14%络氨铜水剂300倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或72%农用链霉素可湿性粉剂400倍液，或1：(0.5-0.8)的200-240倍波尔多液，20%噻菌酮600倍液，或47%春雷-氧氯铜(加瑞农)可湿性粉剂800倍液等药剂，连续防治3-4次。
