带菌土壤是病害侵染的主要来源，茄子种子也能带菌，施用未充分腐熟的带病茎秆、枯叶等堆肥时也能传染黄枯萎病。病菌从茄子幼根或根部伤口或直接从幼根表皮、根毛侵入，原菌孢子及其毒素液对茄子幼苗根部细胞膜透性具有相同程度的破坏作用，两者对茄子有同样的致萎作用，造成电解质外渗，且随时间的延长和毒素浓度的提高尤为明显。以后蔓延到维管束、茎叶及果实和种子，破坏植株维管束，造成植株内部养分、水分的运输障碍，导致茄子发病。
黄萎病菌系土传病害，病原菌通过维管束病茎向果实、种子形成系统性侵染。从苗期到生长发育期均可侵染。以休眠菌丝体、厚垣孢子和菌核随病残体在土壤中越冬，可在土壤中存活6～8年。从伤口、根系的根毛细胞间侵入，进入维管束并在维管束中发育繁殖，扩展到枝叶，病菌在维管束中繁殖堵塞导管致使植株逐渐萎蔫枯死。发病适宜温度为19～24℃，低洼、浇水不当、重茬、连作、施用未腐熟肥料的地块发病重。
病原真菌属半知菌亚门，称大丽花轮枝孢。病菌以菌丝、厚垣孢子随病残体在土壤中越冬，一般可存活6～8年。第二年从根部伤口、幼根表皮及根毛侵入，然后在维管束内繁殖，并扩展到茎、叶、果实、种子。当年一般不发生再侵染。因此，带菌土壤是本病的主要侵染源，带有病残体的肥料也是病菌的重要来源之一。病菌也可以菌丝体和分生孢子在种子内外越冬，带病种子是远距离传播的主要途径之一。病菌在田间靠灌溉水、农具、农事操作传播扩散。从根部伤口或根尖直接侵入。
茄子从定植到开花期，日平均气温低15℃，持续时间长，或雨水多，或久旱后大量浇水使地温下降，或田间湿度大，则发病早而重。温度高，则发病轻。重茬地发病重，施未腐熟带菌肥料发病重，缺肥或偏施氮肥发病也重。一般气温低、定植时根伤口愈合慢，有利于病菌侵入；从茄子定植到开花，日均温度低于15℃，持续时间长，发病早而重；此期间温度适宜，病害明显减轻；地势低洼，施用未腐熟的有机肥，浇水不当，发病重。
