带菌种子和病稻草是该病发生的初侵染源。病菌以分生孢子或菌丝体潜伏种子内越冬，浸种时带菌种子上的分生孢子污染无病种子而传染。严重的引志苗枯，死苗止产生分生孢子，传播到健苗，引起到花器上，侵入颖片和胚乳内，造成秕谷或畸形，在颖片合缝处产生淡红色粉霉。病菌侵入晚，谷粒虽不显症状，但菌丝已侵入内部使种子带菌。脱粒时与病种子混收，也会使健种子带菌。土温30-50℃时易发病，伤口有利于病菌侵入，20℃以下或40℃以上都不表现症状。因此，秧苗栽插过深、拔秧后过夜等有利于病菌侵染。旱育秧较水育秧发病重；增施氮肥刺激病害发展。施用未腐熟有机肥发病重。一般籼稻较粳稻发病重。糯稻发病轻。晚播发病重于早稻。稻恶苗病又称徒长病，中国各稻区均有发生。病谷粒播后常不发芽或不能出土。苗期发病病苗比健苗细高，叶片叶鞘细长，叶色淡黄，根系发育不良，部分病苗在移栽前死亡。在枯死苗上有淡红或白色霉粉状物，即病原菌的分生孢子。湿度大时，枯死病株表面长满淡褐色或白色粉霉状物，后期生黑色小点即病菌囊壳。病轻的提早抽穗，穗形小而不实。抽穗期谷粒也可受害，严重的变褐，不能结实，颖壳夹缝处生淡红色霉，病轻不表现症状，但内部已有菌丝潜伏。