消毒方法分为物理消毒、化学消毒和生物消毒三大类。物理消毒包括机械性清除粪污、高温、高压、煮沸、干燥、紫外线杀菌等方法。化学消毒采用化学消毒剂药品兑水喷雾等进行消毒杀菌。生物消毒利用厌氧菌进行生物发酵杀灭病毒细菌寄生虫，如大中型沼气、沼气池生物处理技术，粪便堆积密封发酵产生生物热杀菌杀虫方法。
加热消毒既经济又方便，效果显著。干热消毒法适用于金属等耐热物品消毒，焚烧用于废弃物消毒。湿热消毒法加热65℃持续30分钟可杀灭细菌繁殖体，常用于牛奶消毒。煮沸100℃持续10分钟可杀灭细菌繁殖体和病毒，常用于食具、奶瓶消毒。流通蒸汽100℃持续10分钟常用于食具、食品消毒。
化学消毒包括含氯消毒剂、过氧化物类消毒剂、碘伏、新洁尔灭、洗必泰和戊二醛。含氯消毒剂溶于水产生次氯酸。碘伏是碘和某些表面活性剂的络合物。新洁尔灭属低效消毒剂，具有杀菌、清洁洗涤作用。洗必泰性质稳定，杀菌作用与新洁尔灭相似。戊二醛属高效消毒剂，可杀灭各种微生物。
