大豆根腐病主要发生在大豆根部，幼苗或成株均染病。初期茎基部或胚根表皮出现淡红褐色不规则的小斑，后变红褐色凹陷坏死斑，绕根茎扩展致根皮枯死，受害株根系不发达，根瘤少、地上部矮小瘦弱，叶色淡绿，分枝、结荚明显减少。根部腐烂，侧根减少，根瘤数量明显减少，植株高度降低。株荚数和株粒数明显减少，株粒重和百粒重显著下降，产量减少。
大豆根腐病一般是在幼苗期发生较多，病株根部以及茎基部，会形成褐色椭圆形，或者是长条形病斑，而到了后期根部会变黑褐色，表皮腐烂。病株矮黄，下部叶片提早脱落。病株一般不枯死，但是结荚少、豆粒小。
大豆在整个生育期间都有可能感染此病。种子在出土前受害腐烂使之不能萌发，表面附着一层白色霉菌。幼苗期病害的症状主要发生在根部，主根病斑起初呈褐色或黑褐色斑点，随后扩展为菱形或长条形的凹陷斑块，严重时病斑为铁锈色或红褐色及黑褐色，皮层开始腐烂如溃疡，地下侧根由根尖开始变为褐色，水浸状，并逐步发生腐烂，重病株的主根及须根全都腐烂，从而导致“秃根”。病株的地上部分生长发育不良，病苗矮小瘦弱，叶片发黄，严重时则干枯死亡。
成株期病根部形成不同规则的褐色斑，严重时根系开裂有木质纤维组织外露，叶片自下而上逐渐变黄，以后整个植株的叶子变为浅绿，植株矮化，比健康植株要矮6～8公分。大豆开花结荚期为最高发病期，可在大豆田间观察到大量的黄叶，轻者虽能缓慢生长，但叶片开始由黄转为脱落，不但结荚少，子粒也小，更造成产量的降低。
