羊群若膘肥体壮、皮肤结构紧密、皮质代谢协调,其抗感染力强,就不易感染此病。每年要对病羊污染过的羊圈、用具等进行彻底消毒。加强检疫工作,防止病害随种子或商品粮传入。播种的种子要在精选后严格进行消毒,田间管理时应注意施用无病肥,及时拔除病株等。适期播种,播种不宜过深。施用腐熟的有机肥。以土壤和粪肥传播为主的病区,可采用与非寄主作物实行1~2年轮作,或粮菜轮作,并要施充分腐熟有机肥等。药剂拌种是防治小麦黑穗病最经济有效的措施。调整播种期,春麦不宜过早播种,且播种不宜过深,选用抗病品种。提倡施用腐熟的有机肥,合理轮作倒茬。在小麦散黑穗病病穗抽穗初期注意检查并随即拔除病株,带出田外烧毁或深埋,防止穗部黑粉病菌传播。发病麦田及临近地块小麦均不作种子使用。小麦黑穗病多在幼苗至分蘖前期侵入,因此,在种子拌种包衣、土壤杀菌处理的前提下,再在植株分蘖前期喷施一次甲基硫菌磷,每亩70~100克,可进一步预防和防治幼苗及分蘖苗被侵染。在小麦返青生长时,可用烯唑醇或萎锈灵。提倡施用酵素菌沤制的堆肥或施用腐熟的有机肥,对带菌粪肥加入油粕(豆饼、花生饼、芝麻饼等)或青草保持湿润,堆积一个月后再施到地里,或与种子隔离施用。春麦不宜过早播种,冬麦不宜播种过迟。播种时施用硫铵等速效化肥做种肥,可促进幼苗早出土,减少侵染机会。冬麦提倡在秋季播种时,基施长效碳铵1次,可满足整个生长季节需要,减少发病。