番茄菌核病主要发生在果实上，叶片多从边缘开始，呈现淡绿色，潮湿时长出白霉，后期呈灰褐色枯死。茎部发病多从叶柄基部开始，初呈淡褐色水渍状，稍凹陷，扩大后为灰白色，湿度大时病部表面生出白色棉絮状菌丝体，皮层腐烂，后期在茎部表面和髓部产生黑色菌核。果实发病由果柄开始，逐渐扩展至整个果实，病部初呈水渍状，淡褐色，表面生有白色棉絮状菌丝。
该病为真菌性病害，病原菌为核盘孢。病原菌以菌核在土中或混在种子中越冬或越夏，是该病的初侵染源。菌核遇有适宜条件萌发，借风雨随种苗或病残体传播。病原菌首先侵人衰老叶和尚未脱落的花瓣，发病组织腐烂，再侵染白病健部接触传染。温度高于15℃，相对湿度大于85％，利于发病。因此早春或晚秋保护地上的植株容易发生和流行。
