水稻恶苗病的传播途径主要包括带菌种子、带菌土壤和病株残枝。带菌种子和病稻草是病害的初侵染源。恶苗病菌主要通过带菌种子传播,其菌丝体和分生孢子可侵染萌发种子、感染稻株伤口、侵染花器形成带病种子以及粘附健康种子等方式引发病症并进行传播。水稻花期即可受到恶苗病菌侵染,当抽穗期遇上高温多雨天气时,病菌更易繁殖、加重侵染、更易发生病害,而低温则可阻断病害的发生。冬季病原菌虽无法在土壤中存活,却可以通过带菌稻种存活,以待来年春季播种时继续传播。浸种时带菌种子上的分生孢子污染无病种子而传染,严重的引起苗枯,死苗上产生分生孢子,传播到健苗,引起再侵染。带菌稻秧定植后,菌丝体遇适宜条件可扩展到整株,刺激茎叶徒长。花期病菌传播到花器上,侵入颖片和胚乳内,造成秕谷或畸形,在颖片合缝处产生淡红色粉霉。病菌侵入晚,谷粒虽不显症状,但菌丝已侵入内部使种子带菌。脱粒时与病种子混收,也会使健种子带菌。