正确使用消毒药品，按其使用说明书的规定与要求配置消毒药液，药量与水量的比例要准确，不可随意加大或减少药物的浓度，否则会影响消毒效果，严重者还会引起不良后果。比如饮水消毒要严禁任意加大消毒药的浓度，这样做虽然有效地杀灭了水中的病原微生物，但也能杀灭或抑制猪体肠道内的正常菌群，造成猪只腹泻或继发肠道疾病。
不要任意将两种不同种类的消毒药物混合使用或同时消毒同一种物品，因为两种不同种类的消毒药物混合使用时会因物理或化学的配伍禁忌而使可能使消毒药物失效。
消毒前应彻底消除圈舍内猪只的分泌物及排泄物。分泌物及排泄物中含有大量的病原微生物：临床患病猪只的分泌物及排泄物中含有大量的病原微生物(细菌、病毒、寄生虫虫卵等)，即使临床健康的猪只的分泌物及排泄物中也存在大量的条件致病菌(如大肠杆菌等)。消毒前经过彻底清扫，可以大量减少猪舍环境中病原微生物的数量。粪便中有机物的存在可影响消毒的效果：一方面，粪便中的有机物可掩盖细菌对病原起着保护作用；另一方面，粪便中的蛋白质与消毒药结合起反应，消耗了药量，使消毒效率降低。
由于猪的嗅觉很是灵敏，因此在选择带猪消毒的消毒剂时一定要注意选择无刺激性、无毒的消毒剂，醋酸、福尔马林只能用于空舍消毒，用在带猪消毒上会由于其刺激性使猪产生应激。
