西瓜褐色腐烂病在苗期和成株期均可发生。苗期染病主要影响根茎部,引发根腐,表现为土表下根茎处产生水渍状弥散型病斑,皮层初现暗绿色水渍状斑,后变为黄褐色,逐渐腐烂,后期缆缩成蜂腰状或全部腐烂,导致全株枯死。成株期染病,初生暗绿色水渍状病斑,后变软,病叶下垂,不久变为暗褐色,易干枯脆裂。茎部染病,病部现暗褐色纺锤形水渍状斑,病情扩展快,茎变细产生灰白色霉层,致病部枯死。蔓的先端最易被侵染,致侧枝增多,在低洼处的蔓尤为明显。果实染病,初生直径1厘米左右的圆形凹陷斑,病部初呈水渍状暗绿色,后变成暗褐色至暗赤色,斑面形成白色紧密的天鹅绒状菌丝层,扩展迅速,即使是大型西瓜也会在2-3天内腐败,造成严重损失。