辣椒疫病是一种毁灭性病害，主要危害叶片、果实和茎，特别是茎基部最易发生。防治方法包括农业防治和化学防治。农业防治方面，应选用抗病品种，实行轮作、深翻改土，对土壤、种子进行处理，加强管理，清除病株。化学防治方面，发病初期可选用甲霜锰锌、烯酰吗啉、锰锌.乙铝、霜霉威盐酸盐、氰霜唑、氟吗啉.锰锌等药剂加磷酸二氢钾喷雾防治，同时用冲施腐植酸肥，养根护根，促进植株健壮。
辣椒疫病的病原是辣椒疫霉菌，属于鞭毛菌亚门的真菌。在日光温室内发生普遍，是日光温室辣椒生产上毁灭性病害，发生严重时常造成绝收。防治辣椒疫病要力争在发病前期进行预防。一般在初花期用药较好。每平方米苗床可用10克58%甲霜.锰锌可湿性粉剂与4至5克细土拌匀，在苗床浇足底水的前提下，先取三分之一毒土撒在床面上，播种后再将三分之二毒土覆上。
药剂防治的关键是在雨季来临之前5～7天开始用药；喷雾与灌根相结合。一般宜在定植前用25%瑞毒霉或75%甲霜灵800液，5～7天灌一次根。定植后，发病初期可用64%杀毒矾可湿粉剂500倍液喷雾、800倍液灌根；77%可杀得可湿性粉剂500倍液喷雾、800倍液灌根；58%甲霜灵锰锌500倍液喷雾、800倍液灌根。每隔7～10天喷一次，连续2～3次，严重时每隔5天喷一次，连续3～4次。不同药剂可以交替使用，以达到较好的防治效果。
在辣椒疫病发生初期，可选用内吸传导性好的杀菌剂进行防治，如60%唑醚·代森联水分散粒剂750倍液，或168.75%氟菌·霜霉威悬浮剂700倍液喷雾，兑水15～20公斤均匀喷雾，由于这两种药剂对疫病具有预防、治疗和铲除作用，一般每7天喷一次，连喷2～3次，即可控制疫病的蔓延。强降雨时，也可在地面撒施硫酸铜，对辣椒疫病也有一定的防治效果。
防治辣椒疫病，首先要选种抗病品种、做好种子消毒处理、培育无病壮苗，其次要合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，第三要加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度，第四要在初发病时用甲基托布津、多菌灵、疫菌清、瑞毒霉、腈菌唑、甲霜灵等农药田间交替喷雾防治。
