棉苗立枯菌主要营寄生生活，也可腐生。病菌以菌丝体或菌核在土壤中或病残体上越冬，在土壤中形成的菌核可存活数月至几年。棉苗未出土前，立枯丝核菌可侵染幼根和幼芽，造成烂种和烂芽。棉苗立枯菌可抵抗高温、冷冻、干旱等不良环境条件，适应性很强，一般能存活2~3年或更长，但在高温高湿条件下只能存活4~6个月。耐酸、碱性强，在pH2.4~9.2均可生长，因此分布很广。
立枯病的初次侵染主要来自土壤中的菌丝、菌核和担孢子，特别是菌丝和菌核。带菌种子也可传染。这些初侵染的菌源在萌动的棉籽和幼苗根部分泌物的刺激下开始萌发，可以直接侵入或从自然孔口及伤口侵入寄主。棉苗子叶期最易感病，棉苗出土的一个月内如果土壤温度持续在15℃左右甚至遇到寒流或低温多雨(发病的适温在20℃以下)，立枯病就会严重发生，造成大片死苗。病组织上的菌丝可以向四周扩散，继续侵染危害，引起成穴或成片的棉苗发病甚至死亡。若收花前低温多雨，棉铃受害，病菌还可侵入种子内部，成为下一年的初次侵染来源。
播种过早，气温偏低，棉花萌发出苗慢，病菌侵染时间长，发病重。多年连作棉田发病重。地势低洼，排水不良和土质粘重的棉田发病较重。
