全面土壤混合施药(对防治线虫最有效)。也可畦面施药及开沟施药。在作物定植前(定植当天)，按1-2公斤/亩的用量，将药剂均匀撒于土壤表面，再用旋耕机或手工工具将药剂和土壤充分混合。药剂和土壤混合深度需在20厘米左右。
轮作：对年限比较长的温棚来说，容易发生高温高湿环境下的病虫害，所以建议要实行2～5年的轮作。芹菜、瓜类、胡萝卜、茄果类是高感根结线虫菜类，而葱、蒜、韭菜、辣椒、水生蔬菜和禾本科类作物是抗根结线虫病类，交替种植能够减轻虫害的压力，从而减轻下茬为害。
水淹：根结线虫有一个显著的喜氧特性，那么对地表10㎝和更深层土壤淤灌1个月以上的水可以显著降低虫害威胁。棚室栽培可将墒面起成30㎝高的垄子，然后将沟内淹水，覆盖地膜，密闭棚室20天，经过夏季高温和水淹可杀死虫、卵。
清洁：因为植株本身、杂草都是根结线虫的寄生体，所以要将病根、病叶、病株拿出田块集中深埋或烧毁，减少虫源。
药防：每亩用10%噻唑膦1～2㎏穴施或基施，拌入土壤内层；小苗期用黑线刀套装进行浇根处理，可以起到杀死虫、卵的防治作用。也可用淡紫拟氰霉每亩2kg沟施，连续防治三年可见效。
