芝麻枯萎病是由病菌通过菌丝潜伏在种子内或随病残体在土壤中越冬传播的。在土壤中,病菌可存活数年。当条件适宜时,病菌从根毛、根尖和根部伤口侵入幼苗根部,进入导管,向上蔓延至茎、叶、蒴果和种子。播种带菌种子也可引起幼苗发病。芝麻收获后,病菌又在土壤、病残株和种子内外越冬,成为翌年的初侵染源。连作地、土温高、湿度大的瘠薄砂壤土易发病,且品种间抗病性有差异。病害于6月始发,8月上旬为发病盛期,土壤湿度较大时发病严重,特别是瘠薄的砂壤地。病菌多从根尖和伤口侵入,有时也侵染健全的根部,由于病株残体在土壤中不断积累,多年连作,病害则有逐年加重的趋势。