黄瓜生长最好用有机肥，如尿素、动物粪便、草木灰等。播种前土壤中需加入有机底肥，以及适量的尿素和过磷酸钙。在植株坐果期，为促进根系吸收营养，需追施尿素肥，结果后需喷施磷酸二氢钾、硼砂、硝酸钙和尿素。增施有机肥不仅能供给黄瓜生长发育的各种养分，还能减少土壤容重，增加土壤孔隙度，改善土壤的理化性状。生产中应亩施腐熟的圈粪2500～3000公斤或土粪5000公斤。
合理施用化肥对黄瓜根系浅、较为软弱的特点，施肥浓度过高会造成烧根。黄瓜施用化肥要少吃多餐，底肥亩施二铵25～30公斤，硫酸钾23～27公斤。黄瓜生长过程中需随时追肥，其总量为亩追施尿素47～53公斤，硫酸钾52～58公斤。追肥时间一般前期以控为主，生长后期结合灌溉和采摘每7～10天追1次氮肥和钾肥（或用等养分量的冲施肥）。
黄瓜最适宜的肥料是硫酸钾复合肥，能满足黄瓜的正常养分需要。种植黄瓜使用腐熟的有机肥和微量复合肥最好，应该是有机肥、氮肥、磷肥、钾肥。整地、施肥时，腐熟的有机肥5立方米，过磷酸钙25-30公斤或磷酸二铵10-15公斤（过磷酸钙5-5公斤每立方米，磷酸二铵2-3每立方米）。定植前翻耕作畦，畦宽1.2米，高15厘米以上，并地膜覆盖。优质农家肥搭配平衡性硫酸钾复合肥底施。苗期使用腐殖酸水溶肥料随水冲施。生长期结合浇水使用平衡性和高钾型水溶肥料搭配腐殖酸水溶肥料轮换交替随水冲施。
有机肥主要能提高土壤有机质含量，活化土壤，补充营养，提高根系活性；生物菌肥可以加速难容磷钾等矿质营养转化；复合肥或水溶肥是黄瓜种植重要基肥和追肥来源；生物刺激剂可以促进黄瓜种植过程中根系强壮，增强黄瓜抗病能力。
