目前防治烟草根结线虫病的方法主要是种植抗病、耐病品种和药剂防治、农业防治相结合。在线虫病严重的地区，最好选种抗病品种，实行与禾本科作物进行3年以上轮作、水旱轮作也可减轻病害。已用于生产上的防治效果好的药剂有15%铁灭克（或5%涕灭威）、10%克线磷颗粒剂、40%甲基异柳磷乳油等，整地时沟施，都有良好的防效。生产上还可采用移栽时穴施药土法，即15%铁灭克颗粒剂10.5~15千克/公顷，或5%涕灭威颗粒剂22.5~30千克/公顷，或10%克线磷颗粒剂30千克/公顷，在烟草移栽时拌适量干细土穴施封窝为宜。用滴滴混剂熏蒸土壤，在栽苗前两周，于种植行上开17-20厘米深的沟，每亩施20-30公斤的滴滴混剂原液，并立即覆土压平。如有二氯异丙醚也可按上述方法施用，亩用药量为80%乳剂90-170毫米、稀释1000倍。选用抗病品种品种间抗性差异显著，应加强抗病品种的鉴定和选用。据国外根道，NC95品种抗南方根结线虫，并兼抗黑胫病等。