番茄脐腐病的发生主要与钙素供应不足有关，尤其在果实膨大期间。土壤过干、地温过高、氮肥过多及酸性土壤均会阻碍根系对钙的吸收，导致病害发生。水分供应失调是诱发本病的关键因素，干旱时，叶片夺取果实内的水分，造成果实突然失水，引发脐部组织坏死。此外，生育期间水分供给不均、缺钙、光照弱、土壤含水量高、施肥不当以及沙质或黏重土壤也易引发脐腐病。
具体原因包括：1、土壤含钙低，连续种植西红柿导致土壤钙离子被吸收，若不及时补充钙肥，下一茬作物将缺钙。2、土壤酸碱度，当pH高于8.5时，钠离子增加，钙离子被取代形成碳酸盐沉淀，钙的有效性在pH6-8时最佳。3、土壤干旱时，溶液浓度升高，抑制根系吸水及钙的吸收。4、过量施用氮肥会提高土壤盐浓度，减少钙的吸收，尤其是铵态氮会进一步抑制钙吸收。5、盆栽西红柿以基质种植为主，后期养分缺乏，导致果实缺素引发烂果现象。
