辣椒猝倒病主要危害未出土或刚出土不久的幼苗，大苗很少被害。发病原因主要是土壤含水量较高，致使根系进行无氧呼吸，叶片失水萎焉。幼苗染病后，茎基部出现水渍状病斑，随着病情发展，病部绕茎一周形成缢缩，子叶未凋萎时幼苗即突然折倒贴伏地面，植株仍保持青绿色，故称猝倒病。干燥时，水腐的茎部干枯、缢缩呈线状。发芽期染病，严重时造成烂种烂芽，使幼苗不能出土。湿度大时，病株附近长出白色棉絮状菌丝。
防治措施包括：一、选择地势高燥、避风向阳、排灌方便、土壤肥沃、透气性好的无病地块作为苗床。二、播种前翻晒苗床，并用农家肥覆盖土面，播种后再覆盖一层。三、加强管理，实行作物轮作，覆盖地膜减少侵染机会，保持温度在20度左右，适时松土，增加光照，及时清除病苗。四、发现病株后及时处理，并喷洒72.2%普力克水剂400倍液、70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、3%恶霉甲霜(广枯灵)水剂1000倍液或15%恶霉灵(又名土菌消、土壤散)水剂700倍液等药剂，每平方米苗床用配好的药液2-3升，每7-10天喷1次，连续2-3次。及时检查苗床，发现病苗立即拔除，并做好病害的预防。
