发病初期用农用链霉素、中生菌素、噻菌铜、喹啉铜、叶枯唑、氯溴异氰尿酸、可杀得等交替用药,间隔4-5天,连打3遍。辣椒软腐病用1.8%阿维菌素2000-3000倍液、新植霉素4000倍液、72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液防治。可用5%功夫乳油5000倍液、20%多灭威2000-2500倍液、4.5%高效氯氰菊酯3000-3500倍液杀菌农药防治。雨前雨后及时喷洒72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液、嘧啶核苷类抗菌素1000倍液、50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液、77%可杀得101可湿性微粒粉剂500倍液、38%恶霜菌酯水剂800倍液。