低温导致水稻烂秧的原因主要是稻秧在低温环境下破坏了线粒体的结构，呼吸“空转”，缺乏能量引起代谢紊乱。且在低温条件下，秧苗根系生长缓慢，无法满足生长需要，后期气温升高，蒸腾作用加强，根系不管是水分还是营养输送，都会受到影响，阻碍植株生长，甚至死亡。引起水稻烂秧的主要原因是低温多雨、地块低洼易涝。具体因素包括：一是秧田长期缺水、缺氧；二是施用了大量未腐熟的有机肥，在淹水条件下产生有害物质；三是长期淹水后，秧苗生长衰弱，遭到病菌危害；四是低温寡照，土壤有机质含量低，品种抗性差等。
此外，低温后转晴，温度上升，有利病菌的繁殖，绵腐病、立枯病即迅速扩展。谷种质量差，催芽时温度过高，芽过长，抵抗力降低；用此谷种播种易损伤，又撒不匀，常致腐烂。秧田位置不当，光照不足；秧田泥土过烂，整地时又未适当搁硬，容易使谷种深陷泥中；或秧板不平，低处积水妨碍幼芽的呼吸作用，高处的秧苗易遭霜冻和阳光晒伤。施用未腐熟的有机肥料，绿肥茬秧田翻耕过迟，或用污水灌溉作肥料，也都容易引起烂秧。
