大豆根腐病是土传病害，病菌主要以休眠菌丝或菌核在种子或病残体上越冬。种子带菌可引起幼苗出土前发病，病菌直接穿透寄主表皮从气孔及次生根上的伤口侵入。土壤中的病菌被风吹雨溅到大豆上也可引起植株发病。大豆幼苗期多雨、土壤湿度大，病害发生重；连作地，播种过早、过深发病重；土质粘重、通气性差的地块发病重。
连作地、土质黏重、偏酸，土壤中积存的枯萎病菌多的田块，容易发病。土壤中有一定量的线虫等地下害虫，病菌从害虫危害的伤口侵入根部危害。育苗用的营养土带菌，或有机肥带菌，或有机肥没有充分腐熟，粪蛆危害根部，病菌从伤口侵入而危害。氮肥施用过多，磷、钾不足的田块，发病风险高。连阴雨后或大雨过后骤然放晴，气温迅速升高；或时晴时雨、高温闷热天气，均易加重病害。
