选用耐湿品种。加强田间管理，合理浇水和施肥，雨后及时排水，提高田间或棚室温度，增加白天通风时间，降低湿度，是防治该病的根本措施。
(1) 选用迟乌叶、东湖菠菜等耐湿品种。
(2) 加强田间管理，避免低温高湿条件出现。低温不仅削弱了植株生活力，低温持续时间长，植株长期处在不死不活的状态，抵抗力弱，遇有高湿很易感染灰霉病，因此要千方百计提高田间或棚室温度降湿，是防治该病根本措施。
(3) 菠菜收获后及时清除病残体，集中烧毁或深埋。
(4) 合理浇水和施肥、雨后及时排水防止发病条件出现。
(5) 定植后发现零星病株即开始喷洒65%甲霉灵(硫菌霉威)可湿性粉剂1500倍液或50%速克灵可湿性粉剂1500～2000倍液或50%扑海因可湿性粉剂、50%农利灵可湿性粉剂1000～1500倍液、50%扑海因可湿性粉剂1000倍液加90%三乙膦酸铝(乙磷铝)可湿性粉剂800倍液、45%特克多悬浮剂4000倍液、50%混杀硫悬浮剂600倍液、50%的多菌灵胶悬剂800倍液或75%的百菌清可湿性粉剂600～800倍液喷雾防治。隔7～10天一次，连续喷洒2～3次。采收前3天停止用药。
