洋葱的病害主要有黄矮病(病毒病)、霜霉病、软腐病、灰霉病和紫斑病。防治措施包括选用无病种子，并用40一50摄氏度温水浸1.5小时消毒。用0.1%高锰酸钾浸种25一30分钟浸后洗净。加强田间管理，施足基肥，适时追肥，使洋葱生长健壮，增强抗病力。收获时清除病残株带出田外深埋或烧毁。
洋葱霜霉病的症状是病斑呈苍白绿色，长椭圆形。严重时波及上半叶，植株发黄或枯死，病叶呈倒“V”形。湿度大时，病部长出白色至紫灰色霉层。鳞茎染病后变软，植株矮化，叶片扭曲畸形。防治方法是在发病初期喷洒90%三乙磷酸铝粉剂400-500倍液，或75%百菌清粉剂600倍液，50%甲霜铜800-1000倍液，72.2%的普力克水剂800倍液等药剂，隔7-10天1次，连续防治2-3次。
洋葱灰霉病的症状是初在叶上着生白色椭圆或近圆形斑点，多由叶尖向下发展，逐渐连成片，使葱叶卷曲枯死。湿度大时，在枯叶上生出大量灰霉。防治方法是在发病初期轮换喷淋500%多菌灵或70%甲基硫菌灵500倍液，必要时还可选用50%速克灵或50%扑海因及50%农利灵1000-1500倍液喷雾效果较好。
