番茄根腐病病原为墨色刺盘孢,属半知菌亚门真菌。分生孢子具有隔膜,呈现为墨褐色,刚毛较多,大小约为200~350微米,主要盘生在直径长度约为0.5毫米的菌核上。分生孢子的形状为梗圆筒形,稍弯或分枝。该病菌除了为害番茄,同时还为害马铃薯、茄子等茄科作物。病菌以菌丝体和分生孢子器随病残体在土壤中越冬,也可以在没有充分腐熟的堆肥中越冬。第二年春天会产生大量的分生孢子并随着雨水、灌溉水或昆虫传播蔓延,从根部或茎基部的伤口处侵入植株体内进行为害。番茄幼苗期病菌在育苗床内还可以随着带菌的土壤、肥料、农具和浇水等进行传播,多数是从幼苗的伤口侵入,然后再借助雨水、灌溉水等媒介进行传播。