西葫芦灰霉病和西葫芦绵腐病是影响最大的病害。虫害主要有西葫芦金针虫、西葫芦地老虎、烟粉虱、西葫芦二十八星瓢虫。叶枯病主要发生在筒蒿叶片上，自幼苗开始，直至收获时均可受害。病斑圆形，暗褐色，后变灰色，并于表面生煤烟状的黑霉。一般病斑为3-5毫米，一叶多斑，后融合为不规则形大斑块。最后病叶枯干，久留茎上而不脱落，严重的整株死亡。不但增加了采收难度，而且大大降低了产量和品质。茼蒿叶枯病只侵染叶片。病斑为圆形或不规则形，中央淡灰色，边缘褐色，湿度大时正背面具黑色霉状物。后期病斑相互愈合成片，致叶片枯死。叶片染病，发病初始产生暗褐色小斑，扩大后为圆形或不规则形，直径3-5毫米不等，灰褐色，病部明显凹陷，病斑边缘褐色，中央淡灰色；田间潮湿时，病部表面生有黑色霉状物，即病菌的分生孢子梗及分生孢子；发病严重时，多个病斑相互连接成片，形成大型病斑，使叶片枯死。