清洁消毒是抑制口蹄疫的重要措施。在养殖过程中，应彻底消毒养殖环境，可选择2%~4%的碱液、5%的氨水、10%的石灰乳等作为消毒剂。口蹄疫一般不允许治疗，需就地扑杀并进行无害化处理，主要以预防为主。
预防措施包括：加强检疫，严格实行划区封锁，紧急预防接种，搞好消毒工作。口蹄疫流行的地区和划定的封锁区应禁止人、畜及畜产品流动。引进种畜应严格检疫、隔离观察。疫点及其周围受威胁区的动物，应用A、O单苗或联苗紧急免疫注射。
羊口蹄疫病程仅1-2周，随后自愈，故应加强护理，喂麦麸、稀粥等食物，保暖、铺软垫料，多饮水，多吃水果。
