病菌以菌核在土壤、病株残余组织及混杂种子中越冬或越夏，一般可存活2年。环境适宜时，菌核萌发产生子囊盘，子囊孢子借气流传播，侵染衰老叶片或直接穿透角质层，引发初次侵染。病菌破坏寄主细胞与组织，扩散至邻近健康组织，并通过病、健株接触进行重复侵染。病叶与健叶或茎干接触，病菌扩展导致健全茎叶发病。在中国上海及长江中下游地区，茴香菌核病主要发病期为2-6月和10-12月，春季发病重于秋季。早春多雨、寒流侵袭、天气忽冷忽热、梅雨多雨或晚秋温度偏高、多雨的年份发病较重。连作地、排水不良田块发病早且重。种植过密、通风透光差、氮肥过量、茎叶过嫩或受霜冻、肥害的田块发病重。中管棚及温室栽培中，关棚时间过长、通风少、大水大肥浇灌的田块发病重。