小麦茎基腐病在小麦整个生育期均可发病，苗期就可感染。病菌最早通过衰败的芽鞘侵入地中茎，向上扩展到分蘖节。小麦返青后，病菌向上扩展，在茎基节间形成茶褐色病斑，麦苗生长缓慢，严重时开始死亡。小麦灌浆期造成茎基部分蘖节处枯死，上部茎叶和穗得不到水分而死亡，出现“枯白穗”，田间拨除时极易从基部折断。重病田成穗大幅度减少，比正常田少50%以上，且穗小籽少。灌浆后期病株茎基部变为褐色或巧克力色，严重时整株死亡或白穗。
该病主要危害茎基部位及根部。病菌先侵染小麦茎秆基部出现褐色病斑，以后病斑逐渐扩大至整个节间，茎秆输导组织不能向上供应植株所需的养分，造成小麦叶片发黄，后期植株折倒、枯死。该病菌还能侵染小麦叶片，在叶片上出现褐色病斑，有的病斑轮纹状，与小麦纹枯病云纹斑症状很相似，后期会导致叶片发黄干枯。
