茼蒿主要病害有立枯病、猝倒病、霜霉病、叶枯病、菌核病、病毒病、褐斑病、炭疽病等；主要虫害有蚜虫、小菜蛾、菜青虫、白粉虱、潜叶蝇等。霜霉病主要危害叶片，发病时叶片出现褪色的病斑，随着孢子繁殖生长，叶片逐渐枯黄失绿，最后叶背病斑出现白色的霉层。叶斑病主要危害叶片，发病后出现不规则的病斑，病斑中还有轮纹，随着病情发展，病斑逐渐变色为褐色，此外也从叶片蔓延至茎和叶柄上，导致种植枯萎。菌核病主要为害茎蔓、叶片和果实，茎基部染病，初生水渍状斑，后扩展成淡褐色，造成茎基软腐或纵裂，病部表面生出白色棉絮状菌丝体。蚜虫将植株的叶片、嫩枝、花蕾等幼嫩部位吸食干净，使叶片皱缩、卷曲以及畸形，如果蚜虫较严重，会导致整个植株枯萎甚至死亡。在病虫害防治上要坚持“预防为主、综合防治”，做到农业防治、生物防治、物理机械防治有机相结合的原则，从而达到无公害防治的效果。