症状与普通锈病相似，在叶片上初生褪绿小斑点，很快发展成为黄褐色突起的疱斑，即病原菌夏孢子堆。普通锈病夏孢子堆颜色为锈黄，南方锈病夏孢子堆颜色为橘黄。与普通锈病不同的症状特点主要有，夏孢子堆生于叶片正面，数量多，分布密集，很少生于叶片背面。有时叶背出现少量夏孢子堆，但仅分布于中脉及其附近。夏孢子堆圆形、卵圆形，比普通锈病的夏孢子堆更小，色泽较淡。覆盖夏孢子堆的表皮开裂缓慢而不明显。发病后期，在夏孢子堆附近散生冬孢子堆。冬孢子堆深褐色至黑色，常在周围出现暗色晕圈。冬孢子堆的表皮多不破裂。
发病初期，叶片出现分散的褪绿或淡黄色斑点，该锈病的夏孢子堆主要生于叶片正面，极少生于叶背面，颜色为橘黄色。主要为害玉米叶片和叶鞘，严重时也侵染茎干和苞叶，在植株上布满病斑，阻碍光合作用，造成品质下降，产量减少。由于其夏孢子堆数量多，分布密集，后期会造成大量叶片干枯，导致植株早衰，籽粒不饱满，最终导致玉米整体减产。
