玉米黑穗病是苗期侵染的系统性病害，一般到穗期才出现典型症状。雄穗受害多数病穗仍保持原来的穗形，部分小花受害，花器变形，颖片增长呈叶片状，不能形成雄蕊，小花基部膨大形成菌瘿，外包白膜，破裂后散出黑粉（冬孢子）。发病重的整个花序被破坏变成黑穗。病果穗较粗短，基部膨大，不抽花丝，苞叶叶舌长而肥大，大多数除苞叶外全部果穗被破坏变成菌瘿，成熟时苞叶开裂散出黑粉。
玉米丝黑穗病的典型病症是雄性花器变形，雄花基部膨大，内为一包黑粉，不能形成雄穗。雌穗受害果穗变短，基部粗大，除苞叶外，整个果穗为一包黑粉和散乱的丝状物，严重影响玉米产量。玉米丝黑穗病属苗期侵入的系统侵染性病害，一般在穗期表现典型症状，主要危害雌穗和雄穗。受害严重的植株，在苗期表现出各种症状。幼苗分蘖增多呈丛生形，植株明显矮化，节间缩短，叶片颜色暗绿挺直。有的品种叶片上出现与叶脉平行的黄白色条斑，有的幼苗心叶紧紧卷在一起弯曲呈鞭状。
系统性侵染病害，抽穗后出现典型症状。病果穗短小，不吐花丝，除苞叶外整个果穗都变成一包黑粉，为病菌的冬孢子。黑粉飞散后露出丝状寄主维管束组织。雄穗有时也形成黑粉包，但常常仅个别小穗受害，有时还发现花器变形呈叶片状。病株大多矮小，只有健株的1/3－2/5，偶尔也在剑叶中脉发生条状黑粉堆。雄花基部膨大，内有黑粉。二是即为整穗受害后以主梗为基础膨大成黑粉包，外面包被白膜，白膜破裂后散出黑粉。
一种症状是在第4-5叶片上生1-4条明显的黄白色条纹，另一种是植株茎秆下粗上细，叶色暗绿，叶片变硬，上挺，株形如笋状；还有一些植株则兼有笋状与黄条症状。苗期症状通常在6—7叶期以后才能明显见到。也有的品种或自交系苗期症状不明显，需到出穗后才可辨认。雄穗受害时，有的整个花序被破坏且变成一个像高梁丝黑穗病一样的黑头；有的雄穗被害后，花器变形增生，颖片增多且延长，整个雄穗呈刺猬状，或只部分花序被害，雄花变成黑粉。
果穗被害时，病穗较健穗短，基部膨大而顶端尖除苞叶外，整个果穗变成一团黑褐色粉末（病菌的厚垣孢子）和很多散乱的黑色丝状物（寄主的维管束残余物）。有的病穗则有部分子房增生，变成绿色的顶端尖的小枝状物，果穗内黑粉少，也有的果穗则苞叶变狭小，在果穗上簇生畸形，黑粉极少。
