大葱锈病主要为害叶、花梗,有时也危害绿色茎部。初在寄主表皮下产生椭圆形稍隆起的橙黄色孢斑即夏孢子堆,后表皮破裂向外翻卷散出橙黄色粉末即夏孢子。到晚秋或环境条件不良时则形成黑褐色孢子堆,多为纺锤形,病部表皮破裂后散发出黑色孢斑即冬孢子堆。发病严重时,葱叶上布满大大小小病斑,造成叶梗干枯。大葱锈病发生于叶和假茎部,病部初期生有椭圆形或纺锤形的稍隆起褐色小疱疮,后期纵裂,周围的表皮翻起,散出橙黄色粉末。随着病害进展,与病斑相邻处出现新的长椭圆形至纺锤形斑点。斑点隆起后纵向破裂,散出紫褐色粉末。重症植株的叶片和花柄,呈麦秆色干枯。