在雌穗分化阶段，营养吸收不足，光合面积小，有机物积累较少，导致雌穗发育不良。玉米生长盛期时，矿物质供应过多，导致生殖生长减弱，营养生长旺盛，只有少部分有机物质分配在雌穗上，最终形成畸形穗。玉米畸形穗形成原因主要有：品种纯度、净度、气候、病虫害和机械伤害。丛生穗在玉米的结穗节位上潜伏着生长多个雌穗的基因，正常情况下植株只会长出1个果穗。出现多穗表现的原因可能是某种障碍激活了这些潜在基因，激活的难易与品种有关。
畸形穗在玉米生产中非常常见，除草剂、矮化剂施用量大或时期不当，造成药害；孕穗期受到矮化剂、脱肥等影响；开花授粉期遇到高温干旱、强降雨和蚜虫危害等；茎秆和果穗受到粘虫、玉米螟等害虫的钻贮咬食；生育后期遇强降水、脱肥等，均能造成果穗不同程度的畸形。
玉米畸形穗形成原因包括：1. 玉米雌穗在发育过程中受到低温影响，导致性器官发育受阻，形成畸形穗。2. 玉米雄穗长势较强，雌穗长势弱，外界条件不合适，雄穗会对雌穗产生明显抑制作用。3. 在雌穗分化阶段，营养吸收不足，光合面积小，有机物积累较少，导致雌穗发育不良。4. 玉米生长盛期，矿物质供应过多，导致生殖生长减弱，营养生长旺盛，形成畸形穗。5. 在玉米喇叭口期至抽穗前，水分供应不足，影响雌穗花丝抽出，导致花粉活力较弱，花丝枯萎，无法完成正常授粉。6. 玉米在抽雄散粉期间，长时间遭遇阴雨天气，雌穗花丝未及时得到授粉，出现有穗无籽的情况。
