病原菌主要以菌核在土壤中越冬,也能以菌核和菌丝体在病株残体中越冬。翌年越冬菌核萌发,产生菌丝侵染谷子幼苗或成株茎基部,此后发病部位逐渐上升,并在发病部位生成菌丝和菌核。菌核随气流、雨水或灌溉水传播,接触健株,菌丝则通过病、健叶片之间的接触而传播,都可引起再侵染。纹枯病是高温高湿性病害,发病程度与环境温、湿度关系密切。在18℃~32℃变温条件下,只要湿度适宜,病菌能很快侵染和扩展;而湿度低时就不会发病。随着温度升高和降雨增多,纹枯病迅速发展。在温度适宜时,发病率增长与降水量和大气相对湿度成显着正相关。在湿度适宜时,温度决定纹枯病的垂直上升速度。