羊痘病的诊断主要依据临床症状、病理变化和流行特点。典型病例可通过观察呼吸急促、困难，脓性或浆性鼻液，食欲下降，流泪，体温升高，鼻眼分泌物或脸部肿胀等症状初步判断。确诊需进行血清学试验、病毒分离培养、荧光抗体检测或电镜观察等检测。
羊痘是接触感染羊痘病毒的病羊后所引起，潜伏期五到六天，三到六周消失，好发于手指、手背、前臂，皮损单个或数个。初期表现为坚硬的红色和蓝色的小丘疹，逐渐增大形成平顶的脓血大疱，成熟的直径长为两公分，周围有红晕环绕。
在国际贸易中，尚无指定诊断方法，替代诊断方法为病毒中和试验。由于羊痘有肉眼可见的痘疹症状，一般不需进一步做实验室检查。对于非典型羊痘，一般采用中和试验（细胞中和试验、羊体中和试验）和生物学试验。
鉴别诊断应与羊传染性脓疱相区分。传染性脓疱在自然流行时，除山羊发病外，绵羊也可发病，且疱疹的中央缺乏脐状凹陷，病羊无全身症状，多数病例的疱疹相互融合，形成大的增生性疣状物，其上覆盖有坚硬的角质化痂皮。
