大豆连作三年以上,土壤微生物种群数量发生显著变化,腐败菌增多,其中部分菌种降低大豆发芽率,有的浸染根部,导致根腐病。真菌对重茬大豆的生长发育影响较大,镰刀菌可浸染根部,引发根腐病等。重茬大豆在生命活动中,植物和微生物分泌的有机物中有些是抑制素,导致土壤中毒,造成大豆减产。连作导致土壤酸化,若不调整平衡,会使大豆中毒或引起缺素现象,造成减产。土传病害如根腐病、花叶病及地下害虫日益严重,进一步加剧减产。连作还改变了土壤结构,土质恶化,通透性下降,影响根系生长。同时,连作使同一种作物根系分泌的有毒物质逐年累积,导致大豆出苗差且不齐整,根系发病中毒,使得同一地块大豆生长逐年变差,最终引起减产。