烟草黑胫病属高温高湿型病害，其发生流行与温湿度密切相关。平均气温24.5℃至28℃最适合病害侵染，28-30℃发病最快，低于20℃很少发病。湿度是烟草黑胫病流行的限制因子，雨后相对湿度保持在80%以上3-5天，田间会出现发病高峰，全年第一场大雨（雨量在40毫米以上）后7天左右，病害开始流行。烟株现蕾前雨量大，病害加重。
黑胫病是土壤传播病害。连作烟田发病率在18%以上，隔年水旱轮作烟田发病率在3%以内，3年轮作烟田基本无发病。地势高的烟田发病率较低，病情较轻；地势低的烟田发病率高，病情重。同等品种和管理条件下，用房前屋后菜园地育苗比新地育苗发病早且严重，田间管理粗放则病害发生较重。
沙质壤土不易积水，发病较轻；粘质土壤容易积水，发病较重。不同品种烟草对黑胫病的抗性有明显差异，同一品种不同生育阶段抗性也有较大差异，苗期和现蕾期前较感病，现蕾后较抗病。带菌的土壤、粪肥及灌溉水是主要初侵染源，带病烟苗次之，其孢子囊和游动孢子借雨水或灌溉水传播，引起再侵染。烟草黑胫病菌主要集中在距土表5厘米范围内活动，通过伤口或直接侵入，侵染部位主要是茎基部。病害以土传为主，风雨、流水、灌溉水、粪肥、病土、病苗、农事操作等是其传播途径。