番茄畸形果的发生与品种特性、环境条件和栽培管理密切相关。鲜食番茄大果型品种发病较重。在花芽分化和发育期，连续5~6天遇到3~4℃的低温夜，极易产生畸形果。若低温或干旱持续时间长，幼苗生长受抑制，花器官发育期拉长且易木栓化，后转入适宜条件时，木栓化组织无法适应迅速生长，易形成裂果、疤果。施肥不合理，氮肥过多会使花芽过度分化，心室数目增多，形成多心室畸形果。使用激素不当，如蘸花时使用的2、4-D或番茄灵浓度过高，重复蘸花或蘸花时温度过高，也容易产生畸形果。
番茄畸形果表现为果实膨大后出现桃形、瘤形、歪扭、尖顶、凹顶等异常形态。主要原因包括：番茄在持续低温、氮肥、水分及光照充足的条件下，养分过分集中地运送到正在分化的花芽中，花芽细胞分裂过旺，心皮数增多，开花后心皮发育不平衡而形成多心室畸形果。花期使用生长素浓度过高，而果实发育养分供应不足；或点花后花朵尖端残留多余激素水滴，使果实不同部位发育不匀，引起子房畸形发育。水肥管理跟不上，缺硼、钙元素会加剧果实畸形病的发生。春番茄苗期低温阴雨，光照不足或秋番茄苗期遇高温，影响花芽分化，会大大增加第1~2花序的畸形果率。
