秸秆还田的缺点包括：
1.秸秆还田量过大或不均匀易导致土壤微生物与作物幼苗争夺养分，出现黄苗、死苗、减产等现象。因此，在秸秆直接还田时，应适当增施氮肥。
2.秸秆翻压还田后，土壤变得过松，孔隙大小比例不均、大孔隙过多，导致跑风，土壤与种子不能紧密接触，影响种子发芽生长。播种后应及时进行镇压或浇水。
3.秸秆中的虫卵、带菌体等病虫害在直接粉碎过程中无法被杀死，留在土壤里，可能导致病虫害直接发生或越冬后发生。
4.小麦、玉米等作物秸秆上存在大量粘附的土壤，这些土壤携带的细菌、真菌等微生物在秸秆还田后易造成病害传播。同时，未经充分发酵的秸秆可能成为害虫滋生地，对下茬作物造成危害。
5.土壤过于蓬松导致农作物不抗倒伏，以及麦科野草难以根除等问题。