栽培品种抗逆力减弱是品种种性退化的一种表现，这是菌棒腐烂的内因。老菇区一些当家品种种植多年，种性退化，菌丝生命力减弱，对环境适应能力差，抗杂菌入侵能力下降，竞争性杂菌就能乘虚而入，引起菌棒腐烂。如香菇241―4品种，因栽培年数已久，近年来其丰产性、抗逆性都明显下降，其菌棒也易腐烂。栽培环境恶劣导致菌丝生长受阻、抗逆性减弱或衰老死亡、自溶而引起菌棒腐烂。夏季高温、通风不良、消毒药品使用不当、原材料变质等因素也能诱发腐烂。菇类害虫从通气孔进入菌棒生长繁殖，直接咬食菌丝体，菌丝体受伤后形成局部高温、高营养环境，使竞争性杂菌入侵感染，形成虫菌交叉感染，导致菌棒腐烂。老菇区虫口密度高，为害重，烂棒也相对较为严重。栽培过程中刺孔通气操作不当，刺孔器械(铁钉、竹签等)直接刺伤菌丝，导致杂菌人侵感染而发生腐烂。