主要病变集中在中枢神经系统和部分内脏器官。中枢神经显示病毒性脑炎的病变，在延脑和脊髓（特别是腰脊髓）灰质中可见神经元中央染色质溶解、细胞肿大、树突和轴突消失，细胞核偏移或消失，仅剩下染色均匀的粉红色或紫红色神经元残迹。中脑、小脑分子层、延脑和脊髓中发现胶质细胞增生灶，脑组织内有以淋巴细胞性管层为主的血管套现象。内脏器官的病变表现为淋巴细胞灶性增生，在腺胃粘膜和肌层、胰腺、肌胃、肾等器官切片中均有发现。病死雏鸡的肉眼变化不明显，仅见脑水肿和肌肉萎缩，尤其是腿部肌肉萎缩更为明显；严重病例常见肝脏脂肪变性、脾脏肿大和轻度肠道炎症。病理组织学特点是中枢神经（脑、脊髓）和部分内脏神经细胞发生变性，表现为散在的非化脓性脑脊髓炎和背根神经节炎。最突出的变化为脑和脊髓所有部位血管周围因淋巴细胞浸润形成的“管套”现象和小胶质细胞增生。内脏器官的变化特征是在腺胃、肌胃肌肉层、胰腺和心脏中有多量淋巴结。