洋葱的病虫害有霜霉病、灰霉病、紫斑病、软腐病、蓟马、红蜘蛛、菜青虫、潜叶蝇、洋葱种蝇、种蝇、蛴螬、蝼蛄、炭疽病等。常见病害有霜霉病、紫斑病、萎缩病、软腐病、灰霉病和炭疽病。霜霉病多体现在叶片上，各阶段都可能出现，需降低湿度并使用75%百菌清可湿性粉剂600倍液喷洒防治。紫斑病初发症状为叶片顶部长淡紫色斑点，严重时整株植物枯萎、死亡，可使用2％多抗霉素30ppm药剂喷洒防治。灰霉病主要危害果实，发病初期用1.5%植病灵乳剂1000倍液进行防治。炭疽病发病初期叶片上长圆形红褐色小斑点，严重时呈现深褐色病斑，需进行苗床消毒。