发病初期，可用77%可杀得微粒可湿性粉剂500倍液，或70%乙磷锰锌可湿性粉剂500倍液，或14%络氨铜水剂300倍液喷洒或灌根，每株灌药液0.3～0.5千克，每隔7～10天一次，连灌2～3次。重病田与非瓜类作物实行3年以上的轮作。加强田间管理，合理密植，一般667米²栽600～1000株。多施有机肥，根据冬瓜对养分的需求，合理施用氮、磷、钾肥。结瓜后垫草将瓜垫高或搭架把瓜吊起来，避免瓜接触地面，雨季适当提前采收。发现病株及时摘除，并撒施石灰防止病害蔓延。还可选用27%铜高尚悬浮剂600倍液或1:0.5-1:240倍式波尔多液、72%克露或克抗灵、克霜氰可湿性粉剂600倍液、50%甲霜铜可湿性粉剂800倍液、72.2%普力克水剂600倍液、58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂400-500倍液、50%百德富可湿性粉剂500倍液、60%唬·乙磷铝(DTM)可湿性粉剂500倍液、69%安克锰锌可湿性粉剂1000倍液、56%可靠山水分散微颗粒剂700-800倍液，每667平方米喷兑好的药液70升，防治2-3次。要做好冬瓜疫病的防治，首先要加强肥水管理，及时排除渍水，保持田间通风透光，其次是抓住发病初期及时用烯酰吗啉、精甲霜·锰锌、氟吗啉等农药防治。