要选择无病秸秆在收获后立即粉碎还田，秸秆粉碎长度一般为3厘米左右，过长会不利于秸秆快速腐化，土壤孔隙过大，容易把土壤架空，保水能力差。还田后要适时镇压防止漏风跑墒。
玉米秸秆还田时一定要将秸秆尽量粉碎，不得超过5厘米；还要及时追施氮肥，防止微生物与小麦争夺氮肥，影响植株的生长，并且氮肥可以充足满足微生物的营养需求，加快秸秆分解。一、玉米秸秆还田宜早不宜晚，玉米收获后立即粉碎还田，此时秸秆含水量高，易于腐烂，效果较好。二、注意增施氮肥。秸秆还田后，随着微生物活性的增强，需消耗氮素。适宜微生物活动的碳氮比为2.5∶1，而玉米秸秆的碳氮比高达6.5～8.5∶1，微生物从土壤中吸取氮素，易造成与玉米作物争氮现象，所以玉米秸秆还田时及时增施氮肥尤为重要。
四、选择无病健壮的玉米秸秆还田，防止传播病菌而加重下茬玉米病害。病株可清理到田外焚烧处理或是高温腐熟再还田。