小鹅瘟的主要病理变化在小肠。死于最急性的鹅小肠只出现黏膜充血、出现等败血症现象。死于急性、亚急性的鹅小肠里有大量渗出物形成带状假膜，呈栓子样管状物堵住小肠后段，尤其是回盲部的肠段极度膨大，质地硬实，形如香肠，这是小鹅瘟的特征性病变。肝、脾肿大、充血，偶有灰白色坏死点，胆囊增大。可见肠道的血管怒张，十二指肠的粘液增多，粘膜呈现橘黄色，小肠中后段膨大增粗，肠壁变薄，里面有容易剥离的凝固性栓子。肝脏肿大，呈棕黄色，胆囊明显膨大，充满蓝绿色胆汁。胰腺颜色变暗，个别的胰腺出现小白点。心肌颜色变淡，肾脏肿胀。法氏囊质地坚硬，内部有纤维素性渗出物。有神经症状的鹅剖检时，可见脑膜下血管充血。自然感染潜伏期为3〜5天。临床上可分最急性型、急性型、亚急性型三型。最急性型多见于流行初期和1周龄内雏鹅，发病突然，快速死亡。急性型多发生于1〜2周龄雏鹅，或由最急性转化而来，具典型的消化系统紊乱和神经症状特征。