药剂防治是抑制孢子萌发和防治病害的重要手段。在玉米锈病发病初期，可使用25%粉锈宁可湿性粉剂1000—1500倍液进行防治。玉米顶腐病表现为病苗中上部叶片失绿、畸形、皱缩或扭曲，边缘组织呈现黄化条纹和刀削状缺刻或叶尖枯死。防治方法是在发病初期使用50%多菌灵可湿性粉剂、80%代森锰锌可湿性粉剂、5%菌毒清水剂、72%农用链霉素可溶性粉剂等药剂对心喷雾，扭曲心叶需用刀纵向剖开。
玉米粗缩病多在玉米5-6叶时出现，病苗浓绿，节间缩短，叶片僵直，宽短而厚，植株生长缓慢、矮化。防治方法以预防为主，发病后无有效挽救措施：采用种植抗病或耐病品种为主，农业防治和化学防治为辅的综合措施；间苗时拔除病苗并带出田外深埋处理；增施有机肥、磷钾肥，提高植株抗病能力。选用抗耐病品种，加强田间管理，增施磷钾肥，清除田间病残体集中深埋或烧毁，雨后注意排渍降湿，有利于减轻病害发生。
