缺钙时根系生长受到显著抑制，根短而多，灰黄色，细胞壁粘化，根延长部细胞遭受破坏，以至局部腐烂；幼叶尖端变钩形，深浓绿色，新生叶很快枯死；花朵萎缩；核果类果树易得流胶病和根癌病。钙在树体中不易流动，老叶中含钙比幼叶多。有时叶片虽不缺钙，但果实已表现缺钙。苹果苦辣病、水心病、痘斑病、梨黑心病、桃顶腐病，以及樱桃裂果等，都与果实中钙不足有关。在缺钙时，植物生长受阻，节间较短，因而一般较正常生长的植株矮小，而且组织柔软。缺钙植株的顶芽、侧芽、根尖等分生组织首先出现缺素症，易腐烂死亡，幼叶卷曲畸形，叶缘开始变黄并逐渐坏死。缺钙造成顶芽和根系顶端不发育，呈“断脖”症状，幼叶失绿、变形、出现弯钩状。严重时生长点坏死，叶尖和生长点呈果胶状。缺钙时根常常变黑腐烂。一般果实和储藏器官供钙极差。多种蔬菜因缺钙发生腐烂病，水果和蔬菜常由储藏组织变形判断缺钙。禾谷类作物幼叶卷曲、干枯，功能叶的叶间及叶缘黄萎。植株未老先衰。结实少，秕粒多。豆科作物新叶不伸展，老叶出现灰白色斑点。叶脉棕色，叶柄柔软下垂。