在根腐病发生较重的地区，应采用含杀菌剂的种衣剂进行玉米种子包衣处理，或在播种前用杀菌剂拌种。对于镰刀菌和丝核菌引起的根腐病，可以选用75%百菌清可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂、80%代森锰锌可湿性粉剂以种子重量的0.4%拌种，也可以用卫福拌种剂直接拌种。对于腐霉菌根腐病，则应选择杀卵菌药剂，如58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂、64%杀毒矾可湿性粉剂、绿亨1号拌种剂等药剂以种子重量的0.4%拌种。
药剂灌根可用70%甲基托布津800-1000倍液。药剂喷雾可用50%多菌灵或70%甲基托布津500-800倍+生长调节剂喷浇茎基部，或用根腐灵300倍或立菌康60g兑水30㎏喷施。
根瘤菌可长期存活在土壤中，重茬地菌源数量大。病菌经伤口侵入，局部侵染，局部显症。病菌致病机制特殊，一旦显症说明细菌体外的遗体物质（Ti质粒中的一个片段）已经转移到植物细胞，并整合到植物染色体组，此时已无法抑制植物细胞增生，无法使癌瘤消失。
