西葫芦菌核病主要为害茎蔓和瓜条。茎蔓被害初期出现水渍状、浅褐色，后期软腐并长出白色菌丝，严重时病茎纵裂干枯，茎内出现黑色菌核。瓜条受害先发生于残花部，随后瓜条呈现水渍状腐烂，长出白色菌丝，菌丝上散生黑色菌核。
菌核病是由真菌侵染引起的病害，常在塑料大棚内越冬，随气流传播到植株上，从伤口或花器侵入体内，主要为害果实及茎蔓。果实染病后，残花部先呈水浸状腐烂，后长出白色菌丝，菌丝上散生鼠粪状黑色菌核。茎蔓染病初期呈水浸状，病部变褐，后也长出白色菌丝和黑色菌核，病部以上叶、茎蔓枯死。
菌核病是土传真菌性病害，常造成植株枯死或腐烂，寄主广泛，可侵害64科383种植物，包括西葫芦、番茄、茄子、甜椒、菜豆、莴笋、白菜、黄瓜等，是保护地蔬菜主要病害之一。一般受害地块产量损失10%～30%，重者达90%以上。
